
北京市卫生局设置办公室(信访办)、政策研究室、法制监督处、卫生应急办公室(突发公共卫生事件应急指挥中心)、疾病控制处、医政处(医疗服务监管处)、基层卫生处、妇幼与精神卫生处、科教处、药械处、发展计划处、国际合作处、审计处、北京市爱国卫生运动委员会办公室、安全保卫处、组织处、宣传处、统战处、财务处、人事处、机关党委、工会团委、离退休干部处、北京市保健委员会办公室等24个处室。行政编制161人。
下辖北京市卫生监督所,为行政执法单位,行政编制152人。
下辖工资规范管理单位、医疗机构、公共卫生服务机构、医学院校等直属事业单位 43个。事业编制37207人。
管理北京市药品监督管理局和北京市中医管理局。

(一)贯彻落实国家关于卫生方面的法律、法规、规章和政策,起草本市地方性法规草案、政府规章草案;拟订卫生改革与发展的总体规划,推进医药卫生体制改革;统筹协调北京地区卫生资源,拟订区域卫生规划,并组织实施。
(二)拟订并组织实施基层卫生、妇幼卫生、精神卫生和初级卫生保健工作规划和政策措施。指导基层卫生服务体系建设, 负责妇幼保健的综合管理和监督。
(三)负责本市疾病预防控制工作。拟订地方免疫规划及政策措施,组织有关部门对重大疾病实施防控与干预,负责传染病疫情信息的报送工作。
(四)负责本市卫生应急工作。拟订卫生应急预案和政策措施,负责突发公共卫生事件监测预警,组织实施突发公共卫生事件预防控制与应急处置。承担北京市突发公共卫生事件应急指挥部的具体工作。

(六)根据职责分工,负责职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理,负责公共场所和饮用水的卫生安全监督管理,负责消费环节的食品安全监督管理。
(七)负责本市医疗卫生行业监督管理。拟订医疗机构医疗服务、技术、质量和采供血机构管理的规范、标准以及医务人员执业管理规定,并监督实施;组织拟订医疗卫生职业道德规范;建立医疗服务评价和监督体系;推动公民无偿献血工作。

(八)拟订实施医学科技、教育发展规划,负责医学科研基金项目管理和医学科技成果推广、应用工作。
(九)负责本市医药卫生系统人才工作的综合管理,组织协调并落实本系统人才队伍建设工作,贯彻执行国家卫生技术人员资格认定标准。
(十)组织指导本市卫生方面的国际交流及卫生援外工作。
(十一)承担爱国卫生运动方面的有关工作。
(十二)负责本市保健对象、医疗关系在本市的中央单位保健对象的医疗保健工作,负责市、区县各部门干部医疗保健的管理工作。
(十三)负责国家基本药物目录制度的实施工作,拟订北京地区药品推荐使用目录,组织实施基本药物和医疗机构药品的集中采购工作。
(十四)参与拟订建立健全本市卫生事业经费保障机制的相关政策,负责医药卫生行业收费的监督管理工作,参与拟订医疗服务价格。
(十五)负责在法定权限内对公共卫生、医疗、餐饮方面的安全工作承担监督管理责任;拟订本市卫生医疗机构有关安全方面的规章制度,并监督实施。
(十六)承办市政府交办的其他事项。